현미경적 혈뇨가 있는 경우 가장 많은 원인은 염증입니다. 그 다음 생각해 볼수 있는 것이 요로 결석입니다. 이런 경우 대개 결석치료의 과거력을 가지고 있으며, 자기도 모르는 사이 작은 돌이 요로계통을 통과해 나가는 과정에서 혈뇨가 생길수 있습니다. 그 외 신장에 사구체염 등의 신장 질환이 있을수 있습니다.  가장 심각한 것은 종양이 있는 경우입니다. 방광암, 신장암, 신우요관암등 소변이 지나가는 길에 혹이 있는 경우 발생할수 있습니다. 정상적으로 복용하고 있는 약 때문에 소변이 붉게 보이는 경우도 있고, 과도한 신체활동이 일시적 혈뇨를 생리적으로 유발할수도 있습니다. 병원에 가시면, 소변검사를 재시행하고 여전히 현미경적 혈뇨가 있으면, 혈뇨에 대한 전반적인 검사를 시행하실 겁니다.