만성세균성 전립선염은 배양검사로 균이 확인되어야 진단하며, 치료는 8-12주의 항생제 치료부터 시작합니다. 항생제 치료로 완치/개선되는 경우도 있고, 재발하거나 치료가 안되는 경우도 있습니다. 재발하는 경우 환자에 따라 지속적 항생제투여에 전립선마사지나 추가검사를 시행해서 완치/개선을 기대해 볼수도 있고, 저용량으로 예방적 항생제를 투여하는 경우도 있습니다. 치료가 전혀 안되는 경우는 전립선마사지, 및 추가검사들을 해볼수 있고, 이로서 해결이 안되면 수술도 고려합니다. 추가검사로는, 방광경검사, 경직장 전립선 초음파검사, 요역동학 검사등이 있습니다.
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전립선염 증후군 중에서 가장 많은 환자가 만성골반통증후군이라 불리는 만성 전립선염의 범주에 들어갑니다. 이 경우는 뚜렷한 세균이 검증되지는 않는 경우입니다. 일반인들이 균이 있다고 알고 있는 경우에 실제보면, 균검증을 한것이 아니라 백혈구치로 이야기하는 염증수치를 균의 수치로 잘못 알고 있는 경우가 많습니다. 결과에 대한 정확한 설명을 담당의사에게 듣도록 하십시요.. 만성 전립선염의 원인자체가 자가면역질환, 전립선관내로의 요역류, 바이러스성 등의 가설이 있듯이 잘 알려지지 않고 있어, 치료는 예상되는 원인에 따른 치료가 시도되나 완치보다는 증상의 호전을 위주로 시도되고 있는 실정입니다.
 염증상 만성 골반통증후군의 경우에는 항생제(8-12주)이후 항생제와 전립선마사지, 알파차단제, 항염증제, 대증요법(식이요법, 운동요법,사정요법, 스트레스경감등), 심리치료 순으로 치료하며 반응이 없으면 생악제,피나스테라이드, 온열치료등을 고려합니다. 비염증성 만성골반통증후군의 경우에도 최소 4주간의 항생제치료를 우선시작하며, 진통제, 알파차단제, 근육이완제를 사용해보고, 이후 바이오피드백치료나 근육이완제 병용, 대증요법, 심리치료의 순으로 접근합니다. 최근에는 튜나(TUNA)요법을 시행하기도 합니다.