임질의 합병증으로는 남성의 부고환, 전립선, 정낭 등에 염증, 요도가 좁아지는 요도협착이 잇습니다. 여성에겐 직장 항문염, 난관염 및 골반 장기염을 합병할 수 있습니다. 임질균이 혈류를 타고 돌아 다니는 패혈증이 되면 관절염이나 뇌막염을 일으킬 수 있으나 흔치 않습니다. 하반신마비가 보고된바는 없습니다.