적합한 치료제를 선택하여 치료한다면 비임균성 요도염은 비교적 잘 낫는 병입니다. 그러나  30-40%의 환자에서 치료에 저항하는 지속성 요도염이나 치료된 후 2주후에 증상이 재발하는 재발성 비임균성 요도염이 있습니다.
<br />
지속성 요도염일 경우 단순포진 바이러스감염이 많으나 지속되거나 재발하는 비임균성 요도염은 우선 그 원인을 면밀하게 찾아봐야 하겠습니다. 먼저 전립선을 포함하여 요도주위 농양이나 요도내 이물질의 유무를 확인하고 임균, 곰팡이, 트리코모나스에 대한 검사를 해보고, 동시에 성상대자도 같은 검사를 받도록 합니다.
<br />
헤르페스, 사마귀, 요도내 이물질의 존재를 확인해 보고 성상대자도 동시에 치료에 참여했는지 확인하고 치료하도록 합니다.
<br />